Здоровье и медицина

COVID: гибридный вариант дельта-омикрон подтвержден ВОЗ

Гибридные версии коронавируса, сочетающие гены вариантов Delta и Omicron - неофициальное название "Deltacron" - были выявлены по меньшей мере у 17 пациентов в США и Европе. До сих пор Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) считала, что Дельтакрон был результатом загрязнения во время секвенирования. Недавно вирусологи из IHU Méditerranée Infection в Марселе подтвердили его существование. Таким образом, более чем через два месяца после его открытия ВОЗ также признала его рекомбинантным вирусом. Однако вирус спокойно циркулирует с января и, похоже, не слишком беспокоит специалистов. Для подтверждения первых наблюдений необходимы дальнейшие исследования.

Несколько вариантов SARS-CoV-2 последовательно или одновременно распространились по всему миру с лета 2020 года. Сообщалось о некоторых коинфекциях с различными вариантами, а также о генетической рекомбинации, распространенной среди коронавирусов, о которой сообщалось или подозревалось на основании совместного обнаружения мутаций различных вариантов в данном геноме.

Дельтакрон, по-видимому, является вариантом SARS-CoV-2, содержащим элементы как Дельты, так и Омикрона. Другими словами, он содержит гены обоих вариантов, что делает его так называемым рекомбинантным вирусом.

Перспектива появления в этой пандемии варианта, сочетающего в себе два самых мощных на сегодняшний день варианта коронавируса, может показаться пугающей, особенно учитывая, что Дельта была более тяжелой, чем другие варианты, а Омикрон — очень заразной. Но какова реальность? Ученые из IHU Méditerranée Infection в Марселе (Франция) по заказу правительства опубликовали отчет о своем исследовании во вторник на сервере medRxiv. Они предоставляют достоверные данные о его существовании, после ложной тревоги, спровоцированной исследователями из Университета Кипра. Так, последние утверждали, что в январе нашли гибридный вариант, который оказался продуктом загрязнения между образцами во время секвенирования.

Команда Филиппа Колсона описала и подтвердила с помощью секвенирования генома трех пациентов во Франции, инфицированных версией SARS-CoV-2, в которой S-белок (spike) варианта Омикрон сочетается с "телом" варианта Дельта. Другие команды сообщили о 12 других инфекциях Дельтакрона в Европе с января — все с S-белоком Омикрон и телом Дельта. Колсон говорит: "Во время пандемии SARS-CoV-2 два или более варианта циркулировали в одни и те же периоды времени и в одних и тех же географических районах. Это создало возможности для рекомбинации между этими двумя вариантами".

Известно, что генетическая рекомбинация коронавирусов человека происходит, когда два варианта заражают и реплицируются у одного и того же человека, в одних и тех же клетках хозяина. Затем они обмениваются генетическим материалом. Множество частиц коронавируса внутри инфицированного человека, безусловно, включают мутантов, которые могут оказаться первыми копиями вариантов. Эти различные вирусы составляют разную долю от общего количества.

Так, в исследовании, опубликованном во вторник, 8 марта, в журнале The Journal of Clinical Investigation, приводятся данные о пяти испанских пациентах с COVID, полностью привитых от инфекций, связанных с вариантом Альфа — который охватил Великобританию в конце 2020 года - с признаками вариантов Дельта Плюс и Омикрон. Селия Пералес из Мадридского автономного университета и соавтор исследования объясняет: "Вирус, который реплицируется в организме каждого инфицированного пациента, на самом деле представляет собой смесь немного отличающихся вирусов SARS-CoV-2. Минорные варианты у одного инфицированного индивидуума могут стать доминирующими у другого, либо случайно, либо в результате селективного преимущества, связанного с наличием или отсутствием лекарств, вакцин или других факторов".

Между тем, Gisaid, глобальное сообщество ученых, обменивающихся информацией о вирусах, сообщило, что первые убедительные доказательства существования этого гибридного варианта были предоставлены Институтом Пастера во Франции. Так, во вторник 8 марта вирусологи внесли в базу данных полную геномную последовательность рекомбинантного вируса AY.4/BA.1, подтвердив его окончательную структуру, возникшую в результате рекомбинации между вариантом Дельта (AY.4 или одна из суб-линий) и Омикрон BA.1. Доктор Этьен Симон-Лориер из Института Пастера предупредил, что может существовать несколько различных рекомбинантных вирусов, образованных из Дельты и Омикрона.

Филипп Колсон добавил: "Вирус, который мы наблюдаем во Франции и Дании/Нидерландах, выглядит очень похоже и может быть тем же рекомбинантом (с теми же родительскими вирусами), который путешествовал. Но возможные рекомбинанты Дельта-Омикрон, о которых сообщалось в таких странах, как Великобритания и США, по-видимому, сочетают в себе различные части родительских вирусов и поэтому отличаются от Дельтакрона, обнаруженного во Франции".

На данный момент в США и Европе было выявлено 17 подтвержденных случаев рекомбинантного вируса, в том числе три пациента во Франции, инфицированные этой гибридной версией SARS-CoV-2. Согласно неопубликованному отчету генетической исследовательской компании Helix, представленному medRxiv, в США были выявлены две другие инфекции рекомбинантным, но не связанным с дельтакроном, вирусом. Статья должна быть рецензирована и проверена.

Поскольку в настоящее время выявлено лишь небольшое число случаев заболевания дельтакроном, пока нет достаточных данных о тяжести этого варианта и о том, как вакцины защищают от него. Более того, обычные ПЦР-тесты не могут обнаружить этот гибрид.

Поскольку в настоящее время выявлено лишь небольшое число случаев заболевания дельтакроном, пока нет достаточных данных о тяжести этого варианта и о том, как вакцины защищают от него. Более того, обычные ПЦР-тесты не могут обнаружить этот гибрид. Поэтому в исследовании Филиппа Колсона и др. вирусологи разработали и применили дуплексную ПЦР, специфичную для гибридного варианта. Впоследствии структурный анализ рекомбинантного спайк белка позволил предположить, что его гибридное содержание может оптимизировать связывание вируса с мембраной клетки-хозяина. Другими словами, заражать людей будет легче. Эти результаты призывают к дальнейшим исследованиям вирусологических, эпидемиологических и клинических характеристик этого рекомбинанта.

Однако в настоящее время европейское население имеет значительный иммунитет к вариантам Дельта и Омикрон, как благодаря вакцинации, так и из-за высокого уровня циркуляции варианта Омикрон в последние месяцы. Спайк-белок — самая важная часть вируса, когда речь идет о вторжении в клетки, и мишень для антител — происходит из Омикрон. Доктор Саймон-Лориер объясняет: "Поверхность вирусов очень похожа на поверхность Омикрон, поэтому организм распознает его так же, как и Омикрон. Поэтому на данный момент нет причин беспокоиться о появлении этого нового варианта".

Тем не менее Колсон предупреждает: "Мы должны следить за поведением этого рекомбинанта с точки зрения трансмиссивности и способности избежать иммунной защиты, вызванной вакциной. Это также свидетельствует о необходимости постоянного генетического наблюдения. Поскольку вирус продолжает циркулировать, особенно в недостаточно вакцинированных группах населения и среди людей с ослабленным иммунитетом, мы, скорее всего, увидим больше вариантов, включая те, которые возникли в результате рекомбинации.".

В нынешних условиях ВОЗ обеспокоена тем, что многие страны резко сокращают объемы тестирования, а также ограничительные меры. По сути, это препятствует возможности отслеживать вирус, то, как он распространяется и как развивается. Тестирование остается важным инструментом в борьбе с пандемией, являясь частью глобальной стратегии.

Поэтому угроза появления новых вариантов не вызывает сомнений. Как заявил несколько недель назад генеральный директор ВОЗ, риск появления новых, более трансмиссивных и смертельно опасных вариантов "очень реален". Следует отметить, что для обнаружения рекомбинации в вирусах были разработаны специализированные методы. Таким образом, исследования скорости рекомбинации SARS-CoV-2 позволят сравнить его с другими вирусами (РНК или нет), чтобы лучше понять вирус и предугадать, какие новые варианты или комбинации мутаций могут появиться.

Подпишитесь на нас: Яндекс.Новости / Вконтакте / Telegram
Back to top button